一般食品無菌潔凈車間大致可分為三個區域：一般作業區、準潔凈區、潔凈作業區。

1.一般作業區（非潔凈區）：一般原材料、成品、工具存放區、包裝成品轉運區等原材料、成品接觸風險較低的區域，如外包裝間、原輔材料庫、包裝材料庫、外包裝車間等，成品倉庫等。

2.準潔凈區：要求排在第二位，如原料處理、包裝材料處理、包裝、緩沖間（開箱間）、一般生產加工間、非即食食品內包裝間等成品處理但不直接暴露的區域。

3.清潔作業區：指對衛生環境、人員、環境要求最高的區域，必須消毒換衣后方可進入，如：原料、成品外露加工區、食品冷加工間、即食食品冷卻間等，待包裝即食食品儲藏室、即食食品內包裝室等。

擁有潔凈廠房的食品廠，在選址、設計、布局、施工、改造等方面，應避免污染源、交叉污染、混用和差錯。

廠區環境整潔，人流物流合理。

應采取適當的出入控制措施，防止未經授權的人員進入。

施工竣工資料及施工

生產過程中空氣污染嚴重的建筑物應建在全年風向最多的廠房下風側。

當相互影響的生產工序不應位于同一建筑物內時，應在各自的生產區域之間采取有效的分隔措施，發酵產品的生產應有專門的發酵車間。